Ennek alapján dolgozott a Tanács 1989. június 1-ig. Az utasítás többek között a következőket tartalmazta:

"A Tanács az orvostudománnyal, a gyógyszerészeti tudománnyal és az egészségüggyel kapcsolatos bármely szakkérdésben az egészségügyi miniszter véleményező, javaslattevő és tanácsadó szerve. A Tanács a tudományos munka koordinálása érdekében véleményező, tanácsadó feladatot is ellát.

A Tanács feladata többek között:

  • hogy javaslatot tegyen a kutatások fejlesztésének irányára, a rendelkezésre álló személyi és anyagi erők célszerű felhasználására, részt vegyen a kutatási eredmények értékelésében, javaslatokat tegyen a nemzetközi együttműködés témáira.

  • figyelemmel kísérje az orvostudomány és a gyógyszerészeti tudomány, valamint az orvosi gyakorlat hazai és külföldi eredményeiről szóló tudományos információt,

  • véleményezze az orvosi és gyógyszerészeti tárgyú kiadványok tudományos színvonalát, ajánlásokat tegyen és véleményt adjon az ilyen jellegű kiadási tervekről,

  • állást foglaljon időszerű egészségügyet érintő tudománypolitikai kérdésekben, amelyben az egészségügyi miniszter véleményét kéri,

  • bizottsága útján igazságügyi szervek megkeresésére orvosszakértői véleményezést végezzen."

    • Az Egészségügyi Tudományos Tanács elnöke dr. Petrányi Gyula akadémikus, elnökhelyettese dr. Alföldy Zoltán egyetemi tanár, titkára dr. Gál György főosztályvezető lett, akik e feladatokat 1989. június 1-ig látták el.